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熊本高専は、旧熊本電波高専、旧八代高専の伝統と実績を継承し新たにICT技術を核として創設した、熊本キャンパス「情報通信エレクトロニクス工学科」、「制御情報システム工学科」、「人間情報システム工学科」の電子情報系3学科と八代キャンパス「機械知能システム工学科」、「建築社会デザイン工学科」、「生物化学システム工学科」の融合・複合工学系3学科から構成されています。この6学科に高度化再編することにより、電子情報系、融合・複合系技術分野を拡大・強化・発展させ、エンジニア・デザイン能力の育成や人間社会と自然との調和を目指した教育の充実を図り、国際的に通用する実践的・創造的な技術者を育成します。